主角工(🍅)藤新(xīn )一原本是一位颇具名声的高中生侦探,在目(mù )击黑暗组织的地下交易后,正准备追踪时却被突袭击昏,并被灌下代号为“APTX4869”的不明(míng )药aaa。后来虽然幸免于死,但身体就此缩小为(wéi )小学时期的模样(yàng )。之后他化名为江户川柯(⏺)南(🚢),在邻居阿笠博士的建议下,寄住在女友(🌑)毛利兰的父亲—侦探(📙)毛利小五郎家中,继续秘密从(🙉)事追查黑暗组织的工(gōng )作(👃),并私下探寻获得解(👺)药的管道,希望能(🧟)够恢复原来新一的样貌。与此同(tóng )时,柯南凭着自己的推理天(tiān )份,配合阿笠博士(shì )为他(🌪)发(fā )明的道具,帮助(😝)毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多(duō )爱情、友情、(🚲)犯罪、背叛、复仇等情节。